要办理吉林市物流ISO9001认证，可以按照以下步骤进行：
1. 了解吉林市ISO9001认证的要求和流程：详细了解ISO9001认证的内容、要求和流程，了解认证所涉及的标准、文件和程序。
2. 确定认证机构：选择一家符合要求的认证机构，可以通过ISO认证机构的官方网站或其他渠道进行查询和比较，选择一家声誉良好、具备相关资质的机构。
3. 编制质量管理体系文件：根据ISO9001的要求，组织编制和完善质量管理体系文件，包括质量手册、程序文件、工作指导书等，确保这些文件能够有效地支持企业的质量管理工作。
4. 内审和整改：对质量管理体系进行内部审查，发现存在的问题和不足并及时整改，确保质量管理体系能够有效地运行。
5. 外审：选择一家认证机构进行外部审核，审核包括文件审核和现场审核两个阶段，通过审核后将颁发ISO9001认证证书。
6. 跟踪和持续改进：获得ISO9001认证后，吉林市企业需要持续跟踪和改进质量管理体系，确保认证的有效性和可持续性。
请注意，以上仅为一般性的办理步骤，实际办理过程可能会因吉林市企业的具体情况而有所不同，建议详细了解认证机构的要求和指南，并与认证机构进行沟通和协商。